Свою историю лицей ведет с первого набора 102 учащихся осенью 1994 года. В июне 2017 года эколого-биологическому лицею присвоено имя академика Николая Павловича Лаверова. Учащиеся лицея углубленно изучают естественно-научные дисциплины. Примером для лицеистов является жизненный путь ученого-земляка Николая Павловича Лаверова.
Эколого-биологический лицей дважды являлся лауреатом Всероссийского конкурса «100 лучших школ России» в номинации " Лучший лицей». Многие годы успешно функционирует в статусе опорного учреждения сетевой модели системы образования городского округа «Город Архангельск».
В 2019 году лицей присоединяется к международному проекту ассоциированных школ ЮНЕСКО. Эколого-биологический лицей является единственной в Архангельской области участницей данного международного проекта и принимает участие во многих важных мероприятиях сети. Лицеисты становятся участниками международных мероприятий, организованных Комиссией Российской Федерации по делам ЮНЕСКО в Санкт-Петербурге, Казани, Ханты-Мансийске. В апреле 2025 года на международном форуме «Поедем по России» в г. Санкт- Петербург лицеисты представят проект «Туристический потенциал Архангельской области».
2021 год ознаменован победой в конкурсе «500 лучших образовательных организаций страны». В 2021 году лицей — участник федерального проекта «Школа — вуз». Он является базовым учебным заведением по профориентационной работе Северного государственного медицинского университета, а также сотрудничает по многим направлениям с Северным (Арктическим) федеральным университетом имени М. В. Ломоносова.
2024 год — эколого-биологический лицей — дипломант региональной общественной награды Архангельской области «Достояние Севера».
К 80-летию Великой Победы лицей выпустил вторую Книгу Памяти, авторами которой стали ученики, рассказавшие о подвиге своих прадедов в годы Великой Отечественной войны.
На торжественном мероприятии, посвященном 30-летнему юбилею эколого-биологического лицея, заслуги педагогического коллектива были отмечены почётными грамотами Главы города Архангельска, Областного собрания депутатов, министерства образования и здравоохранения Архангельской области, Городской Думы и департамента образования города Архангельска.
— Определённо, это заслуга всего, профессионального, творческого коллектива педагогов, хороших учеников, неравнодушных и активных родителей, — уверен директор лицея Сергей Николаевич Ушаков.
В торжественную церемонию юбилея лицея были включены творческие номера обучающихся и выпускников образовательного учреждения.
Тридцать лет существования эколого-биологического лицея показали, что учебное заведение имеет славное прошлое, достойное настоящее и перспективное будущее.
Эколого-биологический лицей по праву считается школой передового опыта, учебное заведение может гордиться своими традициями и выпускниками.
Напомним, третью четверть ученики и педагоги Эколого-биологического лицея имени академика Н. П. Лаверова начали в родных стенах — в здании учебного заведения завершился капитальный ремонт.
Изменения огромны: прежде всего были заменены инженерные системы и коммуникации, дизайн внутренних помещений разработан с учетом мнения представителей лицея. На лестничном марше даже предусмотрена подсветка поручней.
— Масштабные перемены стали хорошим подарком к 30-летию учебного заведения и к 95-летию со дня рождения Николая Павловича Лаверова, чье имя носит лицей из Архангельска. Базу знаний здесь получают будущие врачи и специалисты в области природоохранной деятельности. По итогам капремонта созданы все условия для углубленного изучения химии и биологии в этой уникальной для нашего города школе, — подчеркнул тогда глава Архангельска Дмитрий Морев.
Работы по капитальному ремонту лицея заняли около семи месяцев. Их общая стоимость — порядка 150 млн рублей, в том числе средства были выделены и из регионального бюджета.
Создание качественно новых условий для обучения и воспитания детей — ключевая задача программы по модернизации школьных систем образования. Она стартовала в 2022 году по инициативе Президента страны Владимира Путина.