С 2005 года в учреждении проводят цикл образовательных мероприятий «Экомарафон» — акции, конкурсы, тематические классные часы, встречи с людьми, профессии которых связаны с экологией. Все это позволяет вовлекать в эколого-просветительскую деятельность лицеистов, учителей-предметников и классных руководителей.
Традиционными мероприятиями «Экомарафона» являются математический турнир «Экобатл», посвященный Дню экологических знаний; научное шоу «Занимательная лаборатория»; экоквест для 5–7-х классов «Путешествие в город Чистюль», посвященный Дню экологического образования; конкурс экологических проектов на английском языке»; экозарядка к Международному дню здоровья.
Открытие ежегодного цикла мероприятий, посвященных вопросам экологии и охраны окружающей среды, состоялось в лицее 7 апреля. Именно в этот день в 1948 году вступил в силу устав Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), и таким образом в календаре появился Всемирный день здоровья.
Первым мероприятием экомарафона стала общешкольная зарядка: учащиеся лицея смогли выйти на массовую физкультурную разминку, а обучающиеся-спортсмены показали полезные физические упражнения. План экологического марафона в 2025 году построен с учетом официального календаря ООН и ЮНЕСКО, поэтому многие мероприятия были приурочены к определенным памятным датам.
Международный день памяти жертв радиационных аварий и катастроф особенно близок для людей, проживающих в странах СНГ. 26 апреля учащиеся лицея на общешкольном классном часе вспоминали хронологию событий аварии на чернобыльской АЭС вместе с приглашенными гостями мероприятия — ликвидаторами чернобыльской катастрофы.
В Международный день биологического разнообразия (22 мая) учащиеся лицея приняли участие в ежегодной экскурсии в дендрологический сад имени И. М. Стратоновича — один из старейших научных центров интродукции на Европейском Севере. Для членов Сети ассоциированных школ ЮНЕСКО прошел II Всероссийский конкурс «Добро пожаловать в наш школьный музей», итоги которого были подведены к Всемирному дню музеев — 18 мая. Одним из завершающих мероприятий экомарафона станет ежегодная акция «Чистые берега и причалы», приуроченная к Всемирному дню окружающей среды — 5 июня. По традиции учащиеся лицея совместно с сотрудниками различных природоохранных и волонтерских организаций выходят на берег реки Северной Двины для уборки мусора.
Одним из памятных событий экомарафона стала встреча с руководителем Северного межрегионального управления Росприроднадзора, инженером-экологом, юристом, стаж работы которого в сфере охраны окружающей среды составляет 19 лет, Александром Горних. Александр Федорович провел в 9 «А» классе презентацию по теме «Современные тенденции в экологии города», ответил на вопросы учащихся. По окончании лекции состоялась обстоятельная беседа с директором лицея Сергеем Ушаковым, заместителем председателя совета Ассоциации именных учебных заведений и учреждений культуры стран СНГ Михаилом Соболевым и директором ООО «Поморфильм» Владимиром Лойтером. Между учебным заведением и Северным межрегиональным управлением Росприроднадзора подписан договор о сотрудничестве.